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La Asamblea del COFECyT es presidida por el ministro de Ciencia, Tecnología e Innovación Productiva de la Nación. Está integrada por los funcionarios con competencia institucional que designen los Señores Gobernadores y el Señor Jefe de Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires, mediante el instrumento que corresponda, en número de un (1) Titular y un (1) Alterno por cada Jurisdicción.
En la primera reunión de cada año, convocada por su Presidente, la Asamblea designará entre sus miembros el Vicepresidente y tres Secretarios: Secretario de Presidencia, Secretario de Actas y Secretario de Asuntos Reglamentarios. En estas designaciones la Asamblea deberá tener en cuenta la representación de las diferentes regiones.
Las Autoridades durarán un año en sus cargos pudiendo ser reelectos indefinidamente. No permanecerán en sus cargos si por algún motivo dejaran de pertenecer a la Asamblea. (Artículo 1. Reglamento Interno COFECyT).
A partir de la creación del Ministerio y con el objetivo de lograr una mayor eficiencia y ejecutividad, el COFECYT cuenta con un secretariado general encargado de coordinar la promoción de la actividad federal en ciencia y tecnología. (Decreto 699/2008)
Autoridades de la Asamblea 2008
Presidente: Ministro de Ciencia, Tecnología e Innovación Productiva
Vicepresidente: Representante de Misiones
Secretario de Presidencia: Representante de San Juan
Secretario de Actas: Representante de Córdoba
Secretario de Asuntos Reglamentarios: Representante de Jujuy
*Las autoridades mantienen su cargo durante un año, renovándose en la Primera Asamblea de cada año.
El Comité Ejecutivo está conformado por seis miembros designados por la Asamblea en su primera reunión anual ordinaria, atendiendo a una equilibrada distribución entre las diferentes regiones, y por el Vicepresidente de la Asamblea.
Asimismo, también integra el Comité Ejecutivo el representante que sea designado como Vicepresidente de la Asamblea.
Miembros del Comité Ejecutivo 2008
Región Bonaerense
Titular: Representante de la Provincia de Buenos Aires
Alterno: Representante de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires
Región Centro
Titular: Representante de Santa Fe
Alterno: Representante de Córdoba
Región NOA
Titular: Representante de Salta
Alterno: Representante de Santiago del Estero
Región NEA
Titular: Representante de Corrientes
Alterno: Representante de Entre Ríos
Región Nuevo Cuyo
Titular: Representante de Mendoza
Alterno: Representante de San Juan
Región Patagonia
Titular. Representante de Neuquén
Alterno: Representante de La Pampa
*Las autoridades mantienen su cargo durante un año, renovándose en la Primera Asamblea